Được đưa vào sử dụng từ năm 2010, hệ thống xử lý nước thải tại KCN Phú Bài có tổng kinh phí đầu tư hơn 35 tỷ đồng, công suất xử lý nước thải 4.000 m3/ngày đêm; đảm bảo xử lý nước thải sau sản xuất cho các doanh nghiệp trong KCN. Hệ thống có quy mô lớn, quy trình xử lý hiện đại nên đã giải quyết cơ bản tình trạng ô nhiễm môi trường tại chỗ. Theo đánh giá của Phòng Tài nguyên và Môi trường thị xã Hương Thủy thì trong quá trình triển khai xây dựng khu công nghiệp, cụm tiểu thủ công nghiệp ở các địa phương trên địa bàn thị xã hầu hết các chủ dự án đã chấp hành tốt những quy định về xả thải và xử lý nguồn chất thải có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường. Đặc biệt, các dự án đầu tư trong KCN đã được Ban Quản lý  kiểm tra và hướng dẫn thực hiện đăng ký chủ nguồn thải, chất thải nguy hại tại Phòng Tài nguyên và Môi trường. Đồng thời, hướng dẫn phân loại, thu gom, lưu giữ tạm thời chất thải nguy hại và ký hợp đồng với đơn vị có chức năng về vận chuyển, xử lý chất thải nguy hại theo đúng quy định. Qua kiểm tra các công ty tại khu công nghiệp Phú Bài và cụm làng nghề tiểu thủ công nghiệp tại phường Thủy Phương đều cho thấy đa số các đơn vị đã thực hiện việc lập báo cáo đánh giá tác động môi trường, giám sát đầy đủ các thông số quan trắc môi trường xung quanh và chất thải theo quy định.
Hàng năm thị xã Hương Thủy đã thành lập các đoàn kiểm tra liên ngành để kiểm tra, nhắc nhở, yêu cầu các cơ sở sản xuất, kinh doanh có nhiệm vụ giáo dục nâng cao nhận thức về bảo vệ môi trường cho người lao động; thực hiện nghiêm việc lập đánh giá tác động môi trường, cam kết bảo vệ môi trường; chấp hành đúng các quy định của Luật bảo vệ môi trường... Bên cạnh đó, Ban Quản lý KCN thường xuyên nhắc nhở các đơn vị sản xuất phải gắn với BVMT; tiếp tục đầu tư trang thiết bị hiện đại, công nghệ mới để nâng cao công suất nhằm giảm thiểu các loại chất thải ra môi trường... Qua đó, ý thức chấp hành pháp luật bảo vệ môi trường của các cơ sở sản xuất, kinh doanh đang dần được nâng lên.

Đoàn kiểm tra ALVSLĐ kiểm tra nguồn nước ở một cơ sở sản xuất

Tuy nhiên  hiện vẫn còn một số doanh nghiệp hoạt động trong KCN, làng nghề tiểu thủ công nghiệp vẫn còn những hạn chế, bất cập trong công tác tuân thủ pháp luật BVMT. Kết quả các đợt kiểm tra cho thấy, các cơ sở sản xuất công nghiệp trên địa bàn tuỳ từng ngành sản xuất dẫn đến mức độ gây ô nhiễm khác nhau. Các yếu tố gây ô nhiễm môi trường chủ yếu là bụi, nước thải, khí thải, tiếng ồn.
Để giải quyết những vấn đề cơ bản tồn tại về môi trường trong các KCN, các cơ quan quản lý Nhà nước chuyên ngành cần xử lý nghiêm các hành vi vi phạm pháp luật về BVMT; đẩy mạnh công tác tuyên truyền, tạo sự chuyển biến đồng bộ về nhận thức về BVMT của các doanh nghiệp trong KCN. Qua đó góp phần nâng cao công tác quản lý, kết hợp hài hoà giữa sản xuất gắn với BVMT để phát triển bền vững.