Hiện nay, Hệ thống bảo tàng ở Việt Nam có 162 bảo tàng, trong đó có các bảo tàng trong Hệ thống bảo tàng thiên nhiên gồm: Bảo tàng thiên nhiên Việt Nam, 04 bảo tàng thiên nhiên khu vực (Bảo tàng Thiên nhiên Tây Bắc, Bảo tàng Thiên nhiên duyên hải miền Trung, Bảo tàng Thiên nhiên Tây Nguyên, Bảo tàng Thiên nhiên Nam bộ), 04 bảo tàng thiên nhiên chuyên ngành (Bảo tàng Tài nguyên rừng nhiệt đới, Bảo tàng Hải dương học Hải Phòng, Bảo tàng Hải dương học Nha Trang, Bảo tàng Địa chất Việt Nam); các bảo tàng thiên nhiên cấp cơ sở (Bảo tàng Đại học Quốc gia, Bảo tàng của các Trường đại học và Bảo tàng ở các Vườn Quốc gia, khu dự trữ sinh quyển).

Việt Nam là một trong 10 quốc gia có tính ĐDSH cao trên thế giới, nhưng cũng nằm trong 5 quốc gia về "điểm nóng" của ĐDSH. Hệ sinh thái của Việt Nam rất phong phú, riêng vùng đất ngập nước đã có đến 28 kiểu HST tiêu biểu, vùng ven biển có 20 kiểu HST và vùng rừng nhiệt đới có tới 13 dạng quần xã khác nhau. Ở Việt Nam hiện có 3/200 vùng sinh thái toàn cầu, 1/5 vùng chim đặc hữu và 6 trung tâm đa dạng về thực vật. Cho đến nay, đã thống kê được 11.373 loài thực vật bậc cao có mạch; hàng nghìn loài thực vật bậc thấp như rêu, tảo, nấm…; hệ động vật với 310 loài thú, 870 loài chim, 296 loài bò sát, 162 loài ếch nhái, trên 3.000 loài cá và hơn 1 triệu loài động vật không có xương sống ở trên cạn và dưới nước.

Khu vực duyên hải miền Trung bao gồm 14 tỉnh từ Thanh Hoá ở Bắc Trung bộ vào đến Bình Thuận ở Nam Trung bộ. Theo đánh giá của các nhà khoa học, khu vực này đặc trưng bởi thiên nhiên đa dạng và điển hình, trong đó, có hai hệ sinh thái được đánh giá cao ở tầm quốc tế là hệ sinh thái rừng mưa nhiệt đới được Quỹ Bảo vệ Đời sống Hoang dã đánh giá là một trong 200 vùng sinh cảnh toàn cầu theo phân hạng quốc tế và hệ sinh thái đầm phá nước lợ ven biển gồm có 12 đầm, phá ven bờ nước lợ, trong đó hệ đầm phá Tam Giang - Cầu Hai ở tỉnh Thừa Thiên Huế được đánh giá là tiêu biểu nhất trong 12 đầm phá nhiệt đới ven bờ của Việt Nam và là lớn nhất về quy mô vực nước ở khu vực Đông Nam Á và trên thế giới. Chỉ tính riêng ở tỉnh Thừa Thiên Huế đã xác định được có ít nhất 3.222 loài thực vật bậc cao thuộc 279 họ, 7 ngành thực vật; 1.305 loài động vật có xương sống thuộc 216 họ, 51 bộ, 5 lớp khác nhau gồm: 143 loài thú, 407 loài chim, 104 loài bò sát, 69 loài ếch nhái và 582 loài Cá xương.

Bên cạnh đó, khu vực duyên hải miền Trung không chỉ có tài nguyên sinh thái, văn hóa - lịch sử và du lịch phong phú, độc đáo, nhiều địa điểm được các tổ chức thế giới tôn vinh mà tài nguyên khoáng sản, địa chất cũng được cho là khu vực khá giàu có về chủng loại và có tiềm năng lớn.

Thực tế hiện nay, ĐDSH ở Việt Nam đang bị suy thoái, sự suy giảm nguồn tài nguyên khoáng sản, địa chất với tốc độ rất nhanh, hoạt động săn bắt và buôn bán trái phép động vật hoang dã ngày càng phức tạp, mang tính quốc tế hóa. Ở nước ta, Chính phủ và các tổ chức bảo tồn đã có rất nhiều nỗ lực ngăn chặn, song hoạt động săn bắt và buôn bán bất hợp pháp gây ra nhiều hậu quả nghiêm trọng. Các cơ quan chức năng đã phát hiện và thu giữ nhiều động vật hoang dã còn sống hoặc bị giết chết, các bộ phận như ngà voi, sừng tê giác, sừng hươu, nai, trâu rừng, bò tót, da thú, xương hổ, v.v...  Ngoài ra, ở các tỉnh duyên hải thỉnh thoảng có những động vật biển cỡ lớn như cá voi, cá heo, hải cẩu v.v... bị chết trôi dạt vào bờ biển. Bên cạnh đó, tình trạng khai thác tài nguyên khoáng sản, khoáng vật trái phép và bừa bãi đang làm cho loại tài nguyên này dần cạn kiệt. Ngoài hoạt động kể trên, tình trạng xây dựng ồ ạt ở các vùng rừng núi đã và đang làm cho các mẫu cổ sinh vật hóa thạch, cổ sinh đặc thù bị tác động không còn nguyên vẹn hoặc bị phá hủy. Các dạng tài nguyên thiên nhiên bị tàn phá đó cần được bảo vệ, lưu giữ, là nguồn mẫu quý giá và cần thiết cho Hệ thống bảo tàng thiên nhiên nhằm phục vụ mục tiêu nghiên cứu, tuyên truyền, nâng cao nhận thức về bảo vệ tài nguyên thiên nhiên, môi trường.

Trên thế giới, Bảo tàng lịch sử tự nhiên đã được hình thành và xây dựng từ lâu đời như Bảo tàng LSTN Paris (thành lập từ thế kỷ XVII, năm 1635), Bảo tàng LSTN Luân Đôn (1793),... Các bảo tàng này sở hữu các bộ sưu tập mẫu vật thiên nhiên rất lớn được xây dựng trong một thời gian dài hàng trăm năm. Ở nước ta, một số bảo tàng thiên nhiên đã có từ thời thuộc Pháp trước Cách mạng Tháng Tám như khu Đấu xảo Hà Nội (Bảo tàng Maurice Long), Sở thú Sài Gòn (Bảo tàng Blanchard de la Bizosse), Viện Hải dương học Nha trang, Sở Địa chất Đông Dương nay là Bảo tàng Địa chất Việt Nam,… Từ những định hướng của Chính phủ, Quyết định của lãnh đạo các cơ quan Trung ương và tỉnh Thừa Thiên Huế về việc thành lập Bảo tàng Thiên nhiên duyên hải miền Trung là phù hợp và tiến trình phát triển Hệ thống bảo tàng thiên nhiên ở Việt Nam.

Theo Quyết định số 86/2006/QĐ-TTg ngày 20/4/2006 của Thủ tướng Chính phủ, Bảo tàng Thiên nhiên duyên hải miền Trung là một trong 12 dự án ưu tiên đầu tư xây mới. Sau hơn 10 năm thành lập và hoạt động, Bảo tàng đã đạt được những kết quả bước đầu thông qua các hoạt động tuyên truyền và giáo dục cộng đồng, hợp tác nghiên cứu khoa học, sưu tầm, xử lý và chế tác mẫu vật... tạo tiền đề cho sự phát triển trong tương lai. Tuy nhiên, các hoạt động đầu tư để phát triển Bảo tàng đang được thực hiện một cách manh mún, nhỏ lẻ chưa có định hướng phát triển rõ ràng một cách có hệ thống và phân kỳ đầu tư trong giai đoạn 2020-2030. Vì vậy, việc xây dựng Đề án “Phát triển Bảo tàng Thiên nhiên duyên hải miền Trung, giai đoạn 2021-2025, định hướng đến năm 2030” là cấp thiết đưa Bảo tàng thành một thiết chế văn hóa – khoa học công nghệ hoạt động đúng chức năng và nhiệm vụ của một bảo tàng thiên nhiên cấp khu vực, bảo tàng chuyên ngành về lĩnh vực khoa học tự nhiên phục vụ cho đông đảo học sinh, sinh viên và các nhà khoa học trong nước và quốc tế đến tham quan, nghiên cứu về lịch sử tự nhiên và con người khu vực duyên hải miền Trung, góp phần xây dựng tỉnh Thừa Thiên Huế trở thành một trong những trung tâm lớn của cả nước về khoa học – công nghệ giai đoạn 2023-2025 và tầm nhìn đến năm 2030.