Theo đó doanh nghiệp thực hiện nộp ngân sách nhà nước phần lợi nhuận sau thuế còn lại sau khi trích lập các quỹ là các doanh nghiệp do Nhà nước nắm giữ 100% vốn Điều lệ bao gồm: Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên là công ty mẹ của các tập đoàn kinh tế nhà nước; Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên là công ty mẹ của tổng công ty nhà nước (gồm cả Tổng công ty đầu tư và kinh doanh vốn nhà nước SCIC); Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên là công ty mẹ trong nhóm công ty mẹ - công ty con; Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên độc lập.

Lợi nhuận sau thuế còn lại sau khi trích lập các quỹ nộp ngân sách nhà nước của doanh nghiệp quy định trên là lợi nhuận được xác định theo quy định của pháp luật về kế toán (đã được trừ đi các khoản chi không được trừ khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp nhưng phù hợp với quy định của pháp luật về kế toán) sau khi bù đắp lỗ năm trước theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp, trích Quỹ phát triển khoa học và công nghệ, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của pháp luật, trừ đi các Khoản phân phối, trích lập các quỹ theo quy định.

Đối với lợi nhuận sau thuế còn lại sau khi trích lập các quỹ của các công ty con do công ty mẹ nắm giữ 100% vốn Điều lệ: Căn cứ quy chế tài chính của các công ty con do công ty mẹ ban hành, hàng năm công ty mẹ có trách nhiệm phê duyệt báo cáo tài chính và quyết định việc phân phối, sử dụng lợi nhuận sau thuế tại các công ty con để tiến hành thu lợi nhuận sau thuế của các công ty con.

Các công ty con do công ty mẹ nắm giữ 100% vốn Điều lệ thực hiện nộp lợi nhuận sau thuế còn lại sau khi trích lập các quỹ về công ty mẹ, công ty mẹ hạch toán doanh thu tài chính theo cùng niên độ tài chính để xác định lợi nhuận sau thuế còn lại sau khi trích lập các quỹ phải nộp ngân sách nhà nước theo quy định.

Trường hợp sau khi đã phê duyệt báo cáo tài chính, quyết định phân phối lợi nhuận sau thuế và thu lợi nhuận còn lại sau khi trích lập các quỹ của các công ty con mà vốn chủ sở hữu tại công ty con lớn hơn mức vốn Điều lệ đã được công ty mẹ phê duyệt thì công ty mẹ thực hiện thu Khoản chênh lệch giữa vốn chủ sở hữu và vốn Điều lệ của công ty con về công ty mẹ và hạch toán là Khoản doanh thu tài chính của công ty mẹ, xác định lợi nhuận sau thuế còn lại sau khi trích lập các quỹ của công ty mẹ phải nộp ngân sách nhà nước.

Hàng quý, căn cứ kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh quý doanh nghiệp thực hiện tạm nộp số lợi nhuận sau thuế còn lại sau khi trích lập các quỹ phải nộp ngân sách nhà nước của quý chậm nhất vào ngày thứ 30 của quý liền sau quý phát sinh nghĩa vụ nộp lợi nhuận sau thuế còn lại sau khi trích lập các quỹ.

Kết thúc năm tài chính căn cứ số liệu trên báo cáo tài chính, doanh nghiệp thực hiện khai quyết toán lợi nhuận sau thuế còn lại sau khi trích lập các quỹ phải nộp ngân sách nhà nước và nộp số lợi nhuận sau thuế còn lại sau khi trích lập các quỹ còn phải nộp (nếu có) chậm nhất vào ngày thứ 90 kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 26/5/2016 và áp dụng cho niên độ từ năm 2016.