Sau khi tổ chức triển khai Nghị quyết 15 của Trung ương Đảng vào cuối năm 1959, tháng 2 - 1960, Tỉnh ủy Thừa Thiên họp nhân định tình hình trong tỉnh và quyết định tiến hành một đợt diệt ác ôn, xây dựng cơ sở nông thôn đồng bằng và chuẩn bị phát động khởi nghĩa miền núi. Từ đầu năm 1960, cán bộ Hương Thủy đã bám được một số xã như Thủy Bằng, Thủy Phương, Thủy Phù. Cuối năm 1960, đồng chí Đặng Tràm được Tỉnh ủy cử làm Bí thư Huyện ủy và đồng chí Nguyễn Viết Cường vừa đi học, vừa thăm dò tình , bắt được liên lạc và bám trụ trong dân để từ đây nhen nhóm lại phong trào.
Năm 1961, địch không thể dùng chiến tranh một phía chống lại nhân dân miền Nam, Mỹ đã phải phát động “cuộc chiến tranh đặc biệt” với ảo tưởng giành thắng lợi trong 18 tháng. Trong kế hoạch Staley - Taylor để bình định Miền Nam thì kế hoạch “ấp chiến lược” là một quốc sách của chúng.
Ở Hương Thủy, bọn ngụy quyền, lực lượng hương vệ, bảo an kể cả mật vụ, gián điệp ngày đêm đốc thúc, dọa dẫm, bắt dân rào ấp chiến lược, tạo nên tuyến ngăn chặn lực lượng cách mạng từ vùng rừng núi xuống phát động nhân dân chống Mỹ - Diệm. Chúng chọn một số nơi làm điểm rào ấp chiến lược, tập trung lực lượng cho điểm, làm được các điểm mới lan dần ra diện rộng hơn. Các xã được chúng lựa chọn làm điểm là các xã sát núi như Thủy Dương, Thủy Phương.
Địch tập trung lực lượng đàn áp, khủng bố để thực hiện rào ấp chiến lược, bắt dân rào ấp chiến lược theo kiểu “hai sông, ba núi” tức là hai hào giao thông giữa có 3 lớp hàng rào gỗ, tre và dây kẽm gai, thực chất là nhốt dân vào trong các trại giam trá hình. Chúng quy định giờ giấc, phạm vi đi lại trong ấp và ra khỏi ấp rất khắt nghiệt, nhất là đối với những gia đình cán bộ đi tập kết, cán bộ nằm vùng thì chúng bắt bớ, đánh đập những người nộp nguyên liệu chậm hoặc không đúng quy cách.
Tháng 4 - 1961, Hội nghị Đại biểu Đảng bộ tỉnh Thừa Thiên học ở làng Tà Bạt (A Lưới). Đại biểu Hương Thủy có các đồng chí Nguyễn Lam (Ái), Trần Phổ, Đặng Tràm (Thân). Hội nghị đã nghe báo cáo về Đại hội Đảng toàn quốc lần thứ 3 ở Hà Nội tháng 9 - 1960, kiểm điểm tình hình trong tỉnh từ tháng 7 - 1954 đến cuối năm 1960, nhấn mạnh những chuyển biến mới rất quan trọng sau khi tiếp thu Nghị quyết 15 của Trung ương Đảng. Hội nghị đã đề ra nhiệm vụ trọng tâm là: lãnh đạo nhân dân “phá quốc sách ấp chiến lược” của địch, trước mắt đẩy mạnh hoạt động võ trang tuyên truyền, diệt ác, trừ gian, xây dựng cơ sở chính trị trong dân. Hội nghị này cũng đã bầu Ban chấp hành Đảng bộ tỉnh gồm 11 đồng chí, đồng chí Nguyễn Vinh (Trác) được bầu vào Tỉnh ủy và được phân công làm Bí thư Huyện ủy Hương Thủy. Sau Hội nghị Đại biểu toàn tỉnh, Huyện ủy Hương Thủy đã được thành lập.
Sự phát triển cơ sở Đảng, xây dựng phong trào đã có kết quả. Đã kết nạp được đảng viên ở xã Thủy Phương, xây dựng được cơ sở cách mạng ở các xã Thủy Phương, Thủy Phù, Thủy Tân, Thủy Bằng, Thủy Thanh, Thủy Châu, Thủy Biều... Đội công tác huyện được thành lập, hoạt động tuyên truyền võ trang ban đêm ở các xã ven núi như Thủy Phương, Thủy Phù... Một số đồng chí của đội công tác cũng đã bám trụ được trong thôn ấp, phát động quần chúng xây dựng hầm bí mật, cung cấp tin tức.
Cơ sở các xã cũng đã tiến hành công tác binh vận trong hàng ngũ nghĩa quân, thanh niên chiến đấu, ngụy quyền xã đã đồng tình ủng hộ đấu tranh chống rào ấp chiến lược, chống việc cấm đi núi, đòi tự do đi làm ăn... Các xã đã đấu tranh kéo dài thời gian quy định rào ấp chiến lược, có nơi không kéo dài thời gian được thì rào không đảm bảo quy định. Nhờ vậy đã tạo được chỗ hở để đón tiếp cán bộ bám trụ bên trong thuận lợi.
Để tạo bàn đạp cho các huyện, năm 1961 tỉnh đã cắt xã Hương Thọ thuộc huyện Hương Trà và xã Hưng Lộc (gồm Lộc Sơn và Lộc Bổn) của huyện Phú Lộc cho huyện Hương Thủy. Đơn vị xã trong cuộc kháng chiến chống Pháp gồm xã: Phong Thủy, An Thủy, Bích Thủy, Thiên Thủy, Mỹ Thủy, Hồng Thủy, Hải Thủy, Nguyên Thủy. Do điều kiện cán bộ ít nên huyện tổ chức chỉ đạo theo địa bàn xã trong kháng chiến chống Pháp. Các đội công tác được phân công theo các khu vực: Khu I gồm các xã: Hải Thủy, Hưng Lộc; Khu II gồm các xã: Phong Thủy, Nguyên Thủy, An Thủy, Mỹ Thủy, Hương Thọ; Khu III gồm các xã: Bích Thủy, Thiên Thủy, Hồng Thủy.
Được sự hướng dẫn của tổ chức Đảng, cơ sở tại chỗ đã vận động nhân dân chống chính sách bóc lột của Nông tín cuộc, chống bắt phu đi dinh điền, chống bắt lính đưa vào lực lượng bảo an, và Sư đoàn 1 Ngụy.
Đến năm 1962, nhiều ấp chiến lược ở Hương Thủy chưa rào xong. Một số ấp địch tập trung lực lượng và thủ đoạn bắt rào thí điểm thì hiệu lực thấp kém. Quần chúng bị o ép càng khát khao tự do, từng bước đấu tranh chống lại chúng. đường dây bí mật được xây dựng theo các đầu mối từ chiến khu về các xã Hương Thọ, Hải Thủy, đưa chủ trương và cán bộ về vùng sâu, vùng ven thành phố, tổ chức đường dây tiếp tục vào nội thành.
Tính đến thời gian này, Hương Thủy đã có một lớp thanh niên đồng bằng thoát ly gia đình tham gia lực lượng chống Mỹ cứu nước, đông nhất là các xã Hải Thủy, Mỹ Thủy, Hương Thọ... Đây là lớp thanh niên tại chỗ tham gia chống Mỹ đầu tiên trong tỉnh. Hội nghị tỉnh ủy năm 1962 đã đánh giá sự chuyển biến tích cực trong nhân dân, nhất là chống quốc sách “ấp chiến lược” của địch, tạo nên trạng thái kìm kẹp của địch bị “lỏng” ở nhiều nơi.
Bên cạnh phát động quần chúng đấu tranh chống địch, xây dựng cơ sở cách mạng, huyện đã huy động được sự đóng góp của nhân dân như góp tiền, góp gạo, mua nhu yếu phẩm cho cơ quan huyện, tỉnh và các đơn vị lực lượng vũ trang. Năm 1963, phong trào cách mạng trong huyện đã có bước chuyển biến mới trong đà đi lên của toàn tỉnh. Lực lượng vũ trang huyện đã tiến công tiêu diệt vị trí Đá Moọc, đây là một trong những trận mở đầu của lực lượng vũ trang Thừa Thiên trong chống Mỹ cứu nước. Các đội công tác đã liên tục võ trang tuyên truyền, xây dựng cơ sở ở nhiều thôn ấp vùng trên quốc lộ I, tạo bàn đạp cho việc mở rộng hoạt động về vùng sâu, tạo địa bàn cho cán bộ bám trụ bên trong ấp chiến lược để khôi phục phong trào cách mạng của nhân dân.
Phong trào cách mạng trên toàn miền và trong tỉnh phát triển đã có tác động mạnh mẽ đến tình hình huyện Hương Thủy. Miền núi Thừa Thiên trở thành căn cứ địa kháng chiến vững chắc của toàn tỉnh. Đại hội thành lập Mặt trận Dân tộc giải phóng, Đại hội Chiến sĩ thi đua Miền núi năm 1962, hoạt động của đường 559 qua đất Thừa Thiên là những cổ vũ to lớn đối với nhân dân trong huyện. Chiến thắng Hòa Mỹ (tháng 4 - 1964) là trận đánh thắng vào ấp chiến lược kiêng cố của địch, mở ra khả năng đánh phá ấp chiến lược toàn tỉnh. Chiến thắng Ấp Bắc (ở Nam Bộ) là trận thắng to đầu tiên của quân giải phóng miền Nam, mở đầu phong trào “thi đua Ấp Bắc giết giặc lập công”.
Huyện ủy đã tổ chức học tập rút kinh nghiệm trận đánh vào ấp chiến lược Hòa Mỹ, các vấn đề: xây dựng cơ sở bên trong, bố trí lực lượng tiến công, tổ chức quần chúng nổi dậy phá hàng rào ấp chiến lược, chống phản kích, phát huy thắng lợi, trước hết là có bài học vận dụng đánh địch ở các ấp chiến lược sát núi ở xã Hương Thọ, có địa hình tương đối giống Hòa Mỹ.
Tháng 5 - 1963, phong trào đấu tranh chống Mỹ - Diệm của nhân dân Huế nổi lên rầm rộ, quyết liệt. Huyện ủy Hương Thủy chủ trương phát động quần chúng tham gia phong trào này. Đồng thời, lợi dụng lúc địch tập trung đối phó ở thành phố thì sơ hở ở nông thôn mà đẩy mạnh hoạt động võ trang và chính trị ở các xã, hỗ trở tích cực phong trào thành phố. Huyện ủy đã bố trí một số cơ sở tham gia các đoàn biểu tình lên Huế, nhất là các xã vùng ven như An Thủy, Hồng Thủy, Phong Thủy, Mỹ Thủy, Thiên Thủy. Các cơ sở phật giáo ở Hương Thủy cũng đã tổ chức cầu siêu cho thượng tọa Thích Quảng Đức và các nạn nhân bị chết trong các cuộc đàn áp của Mỹ Ngụy.
Nhân dân Hương Thủy đã góp phần tích cực vào phong trào đấu tranh của nhân dân Huế, mở đầu phong trào đấu tranh đô thị miền Nam, đẩy chính quyền Ngô Đình Diệm ở vào trạng thái khủng hoảng nghiêm trọng đi đến sụp đổ vào tháng 11 - 1963.