Sau khi ổn định xong hệ thống chính quyền, quân đội và cảnh sát từ đầu não đến cơ sở, đế quốc Mỹ và chế độ Ngô Đình Diệm tiến hành chiến tranh đơn phương, ráo riết chống lại nhân dân miền Nam và hò hét “Bắc tiến”, “lấp sông Bến Hải” hòng chia cắt lâu dài đất nước ta. Do đó vị trí chính trị của Thừa Thiên, địch chọn đây là một trong những trọng điểm tố cộng ở miền Nam. Hương Thủy là một huyện phụ cận thành phố Huế về phía Nam, địch cũng tập trung triển khai tính trọng điểm đó ở huyện nhà.
Tháng 2 - 1955, chính quyền Ngô Đình Diệm công khai phát động chiến dịch “tố cộng”, tiến công vào Đảng cộng sản và phong trào đấu tranh của nhân dân. Chúng đặt “tố cộng” là quốc sách, là biện pháp chiến lược chủ yếu, quyết định thành bại của chế độ. Ở Hương Thủy, địch lập ban tố cộng quận, xã, huy động cơ quan hành chính xã, lực lượng bảo an, dân vệ cùng tham gia. Về bộ máy ngụy quyền, chúng lập thêm quận Nam Hòa, trụ sở đặt tại Nguyên Thủy (Thủy Bằng), quân này chủ yếu kiểm soát vùng núi và đồng bào các xã dân tộc ít người.
Mỹ - Diệm hình thành chính quyền quận, xã. Các xã có ban đại diện gồm chủ tịch, phó chủ tịch, các ủy viên: an ninh, kinh tế, văn hóa... Bên cạnh đó, còn hình thành “Phong trào cách mạng quốc gia” cấp huyện, quận và các xã, bao gồm các tổ chức như Thanh niên Cộng hòa, Phụ nữ Liên đới, Hiệp hội Nông dân. Ở từng thôn xóm, chúng lập các “liên gia tương trợ” gồm từ 3 đến 5 gia đình, có liên gia trưởng kiểm soát, thực chất là một tổ chức kìm kẹp quần chúng để thực hiện “quốc sách tố cộng”. Chúng còn hình thành các đảng phái như đảng Cần Lao Nhân Vị do Ngô Đình Diệm là thủ lĩnh tổ chức ra Quận bộ Hương Thủy và chi bộ các xã.
Cách tiến hành “tố cộng” của địch ở Hương Thủy là tập trung đánh phá từng vùng, chia ra nhiều bước, đánh xong vùng này chuyển sang vùng khác. Các đoàn lưu động của quận về cắm ở xã, có đầy đủ quyền hành lập nhà giam, bắt giết người. Địch phân loại cán bộ, đảng viên và những người kháng chiến ra 3 loại: Loại 1 - là loại quan trọng gồm cán bộ chỉ đạo các cấp từ xã trở lên thì bắt, tra tấn, khai thác kết án nặng hoặc thủ tiêu; Loại 2 - là chi ủy viên, tổ trưởng đảng, chiến sĩ thi đua, cá nhân xuất sắc thì bắt, tra tấn, khai thác, phân hóa đưa lên loại trên, hoặc đưa xuống loại dưới; Loại 3 - là đảng viên thường, quần chúng tích cực thì tra tấn, khai thác, giam giữ và đưa đi hành dịch.
Địch dùng các thủ đoạn “dùng Việt cộng trị Việt cộng”, “tát nước bắt cá”,”khuấy nước đọng bùn”, ráo riết đánh vào cơ sở đảng và nhân dân, hòng đánh bật ảnh hưởng và lực lượng của đảng ra khỏi quần chúng. Ở Hương Thủy, trong đợt 1, địch đã bắt đảng viên và quân dân đi học tập “tố cộng” liên tục. Loại 1 học ở quận, địa điểm học tại đình làng Thần Phù, thời gian 3 tháng. Loại 2 học ở xã, liên xã từ 1 tháng trở lên. Loại 3 học ở xã hoặc ở thôn. Địch dùng thủ đoạn tấn công tư tưởng, làm mệt mõi tinh thần, gây chia rẽ trong từng gia đình, thôn xóm.
Cuối năm 1955, đầu năm 1956, địch tiến hành chiến dịch “tố cộng” đợi 2. Bằng các kế hoạch chặt chẽ, các thủ đoạn, chế độ Ngô Đình Diệm đã gây cảnh rùng rợn ở nông thôn Hương Thủy cũng như nhiều địa phương trong tỉnh. Chúng lập khu giam cầm Chín Hầm – được mệnh danh là “địa ngục trần gian”, ngay trên đất Hương Thủy, là một kiểu nhà tù thể hiện đỉnh cao của tội ác. Một số người bị bắt, thủ tiêu, một số bị giam ở Thừa Phủ rồi đày đi Côn Đảo, một số người bị đánh thành thương tật.
Từ đầu năm 1956 trở đi, phong trào cách mạng ở Hương Thủy cũng như toàn tỉnh bị lắng xuống. Tổ chức và lực lượng cách mạng bị tổn thất nặng. Huyện ủy không còn. Một số cán bộ cũng bật ra khỏi cơ sở. Tính đến tháng 8 - 1955 sau 3 lần củng cố tổ chức, Đảng bộ Hương Thủy còn 110 đồng chí, nhưng đến đầu năm 1956 chỉ còn lại một vài chi bộ đảng viên còn có sinh hoạt, như Chi bộ Mỹ Thủy, Hồng Thủy... Tiếp theo đó cuối năm 1956, Đảng bộ còn lại khoảng trên dưới 10 đồng chí.
Trong những năm tháng gian truân đó phải kể đến những cán bộ nằm vùng, vô cùng gian khổ. Trong 7 đồng chí Tỉnh ủy viên của tỉnh thời kỳ này, có đồng chí Minh Phương quê ở Hương Thủy, có lúc phụ trách công tác Đảng toàn tỉnh, đã cùng các đồng chí Tỉnh ủy bàn biện pháp đối phó tình hình và đóng góp ý kiến quan trọng trong việc chuyển hướng lãnh đạo phong trào về miền Tây.
Ở Hương Thủy chúng ta cũng đã xuất hiện nhiều tấm gương nuôi dưỡng, bảo vệ cán bộ của nhân dân. Nhân dân tìm mọi cách để che dấu cán bộ. Đi học “tố cộng” hết sức căng thẳng, địch cố làm cho dân thấy tình hình cách mạng đen tối, nhưng dân Hương Thủy vẫn quyết tâm bảo vệ cán bộ. Phong trào có đi xuống nhưng lại được khôi phục bằng tất cả sự khôn khéo và sức mạnh của mỗi cán bộ, đảng viên và nhân dân.