Theo đó Thông tư quy định rõ trình tự thực hiện cấp mã số doanh nghiệp tự động. Theo đó, căn cứ thông tin giao dịch điện tử về doanh nghiệp đăng ký thành lập mới do Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp truyền sang, Hệ thống Đăng ký thuế của Tổng cục Thuế tự động thực hiện kiểm tra tính đầy đủ, chính xác, hợp pháp của các thông tin liên quan trên hồ sơ đăng ký doanh nghiệp theo các quy định của Luật Doanh nghiệp và Luật Quản lý thuế.

Trường hợp thông tin đầy đủ, đúng quy định sẽ tự động tạo mã số doanh nghiệp và thực hiện phân công cơ quan Thuế trực tiếp quản lý đối với doanh nghiệp (Cục Thuế, Chi cục Thuế) phù hợp với Nghị quyết phân cấp nguồn thu của Hội đồng nhân dân cấp tỉnh và phù hợp với quy định của Luật Quản lý thuế. Tự động truyền thông tin về mã số doanh nghiệp, thông tin cơ quan Thuế trực tiếp quản lý đối với doanh nghiệp sang Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp.

Trường hợp thông tin không đầy đủ (thiếu các chỉ tiêu bắt buộc) hoặc không theo đúng quy định: Tự động tạo thông báo về thông tin không đầy đủ, không đúng quy định; tự động truyền thông tin sang Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp để Cơ quan Đăng ký kinh doanh thông báo cho doanh nghiệp biết, thực hiện điều chỉnh, bổ sung hồ sơ đăng ký doanh nghiệp theo quy định.

Sau khi nhận được kết quả cấp mã số doanh nghiệp và các thông tin về cơ quan Thuế trực tiếp quản lý do Cơ quan thuế truyền sang, Cơ quan Đăng ký kinh doanh thực hiện cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, đồng thời in Thông báo cơ quan thuế trực tiếp quản lý và trả cùng kết quả đăng ký doanh nghiệp cho doanh nghiệp biết để thực hiện các thủ tục, nghĩa vụ về thuế theo quy định.

Nguyên tắc phân công cơ quan Thuế trực tiếp quản lý đối với doanh nghiệp được quy định như sau: Việc phân công cơ quan thuế quản lý đối với doanh nghiệp được thực hiện trên Hệ thống Đăng ký thuế của Tổng cục Thuế và đồng thời với cấp mã số doanh nghiệp.

Cơ quan thuế căn cứ thông tin của người nộp thuế trên hồ sơ đăng ký thành lập doanh nghiệp do Cơ quan Đăng ký kinh doanh truyền sang qua hình thức điện tử để thực hiện phân công cơ quan thuế quản lý đối với doanh nghiệp.

Việc phân công cơ quan thuế trực tiếp quản lý doanh nghiệp cũng phải phù hợp với năng lực quản lý của cơ quan thuế các cấp, các quy định của Luật Ngân sách nhà nước về thẩm quyền quản lý, phân cấp nguồn thu tại địa phương và phù hợp với các quy định của Luật Quản lý thuế hiện hành; phù hợp với tổ chức hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp, đặc điểm của từng địa phương, vùng, miền trên cả nước.

Thông tư có hiệu lực thi hành từ 10/10/2015.