Nội dung chủ yếu của Thông tư quy định cụ thể các hồ sơ, quy trình, thủ tục thực hiện thanh toán các khoản chi phí liên quan đến việc bán tài sản trên đất, chuyển nhượng quyền sử dụng đất; việc quản lý, cấp phát, quyết toán số tiền thực hiện dự án đầu tư; hồ sơ, quy trình, thủ tục thanh toán số tiền hỗ trợ di dời các hộ gia đình, cá nhân đã bố trí làm nhà ở trong khuôn viên cơ sở nhà, đất khác (nếu có) của cơ quan, đơn vị, các tổ chức thuộc cùng phạm vi quản lý của các Bộ, ngành, địa phương. Ngoài ra, Thông tư còn quy định thời hạn các tổ chức, cá nhân phải nộp số tiền thu được từ bán tài sản trên đất, chuyển nhượng quyền sử dụng đất vào tài khoản tạm giữ, thời hạn chủ tài khoản tạm giữ giải quyết hồ sơ và thực hiện chi tiền từ tài khoản tạm giữ, trách nhiệm của từng cơ quan, đơn vị, tổ chức và cá nhân có liên quan.

Bên cạnh đó, nhằm phản ánh đầy đủ vào ngân sách nhà nước số tiền thu được từ việc sắp xếp lại nhà đất đã được sử dụng để thực hiện các dự án đầu tư xây dựng trụ sở làm việc, cơ sở sản xuất kinh doanh, nâng cấp cơ sở hạ tầng của địa phương và hỗ trợ di dời các hộ gia đình cá nhân, tại Thông tư quy định rõ quy trình ghi thu, ghi chi ngân sách nhà nước đối với số tiền này.

Với các quy định tại Thông tư số 41/2015/TT-BTC, các cơ quan hành chính, đơn vị sự nghiệp, các tổ chức và công ty nhà nước có căn cứ pháp lý để thực hiện đầy đủ, đúng quy định giúp cho việc thanh toán các khoản chi phí được kịp thời. Đồng thời tăng cường trách nhiệm của từng cơ quan, đơn vị trong việc triển khai thực hiện nhiệm vụ theo chức năng được giao. Từ đó, đảm bảo việc quản lý, sử dụng có hiệu quả số tiền thu được từ sắp xếp nhà đất thuộc sở hữu nhà nước; đồng thời, tạo điều kiện cho các Bộ, ngành, địa phương, Tổng công ty nhà nước trong việc triển khai thực hiện phương án đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt, góp phần đẩy nhanh tiến độ sắp xếp lại, xử lý nhà đất thuộc sở hữu nhà nước trên phạm vi cả nước theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Chỉ thị số 27/CT-TTg ngày 25/8/2014 về việc tăng cường công tác quản lý các trụ sở cơ sở hoạt động sự nghiệp.