Thông tư này quy định chứng từ kế toán, tài khoản kế toán, sổ kế toán, báo cáo kế toán (báo cáo tài chính, báo cáo kế toán quản trị) và các công việc có liên quan đến kế toán nghiệp vụ thuế và thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Các quy định này áp dụng cho các đơn vị hải quan gồm Tổng cục Hải quan; Cục Hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; Chi cục Hải quan, Đội Kiểm soát Hải quan và đơn vị tương đương trong việc thực hiện công tác kế toán nghiệp vụ thuế và thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Thông tư nêu rõ, kế toán nghiệp vụ thuế xuất nhập khẩu có nhiệm vụ ghi chép, phản ánh tình hình thu nộp ngân sách nhà nước về thuế và các khoản thu khác của người nộp thuế hoặc đối tượng vi phạm hành chính trong và ngoài lĩnh vực thuế, bao gồm: Số thuế, lệ phí phải thu, đã thu và đã nộp ngân sách nhà nước; số thuế còn nợ đọng, phải hoàn, đã hoàn và còn phải hoàn cho người nộp thuế; số hàng hóa tạm giữ, đã có quyết định tịch thu nhưng chưa tổ chức bán hoặc chưa tiêu hủy, đã chuyển cho cơ quan có thẩm quyền xử lý,…

Kế toán nghiệp vụ thuế xuất nhập khẩu phải đáp ứng yêu cầu phản ánh đầy đủ nghiệp vụ thu thuế xuất nhập khẩu phát sinh vào chứng từ kế toán, sổ kế toán và báo cáo kế toán. Phản ánh kịp thời, đúng thời gian quy định về các thông tin, số liệu kế toán nghiệp vụ thuế xuất nhập khẩu phục vụ yêu cầu quản lý của hệ thống Hải quan.

Về trách nhiệm quản lý, sử dụng, cung cấp thông tin, tài liệu kế toán, cơ quan Hải quan phải xây dựng quy chế quản lý, sử dụng, bảo quản tài liệu kế toán nghiệp vụ thuế xuất nhập khẩu, trong đó quy định rõ trách nhiệm và quyền hạn đối với từng bộ phận và từng người làm kế toán; phải bảo đảm đầy đủ cơ sở vật chất, phương tiện quản lý, bảo quản tài liệu kế toán.

Cơ quan Hải quan cũng có trách nhiệm cung cấp thông tin, tài liệu kế toán nghiệp vụ thuế xuất nhập khẩu cho cơ quan Nhà nước có thẩm quyền thực hiện chức năng theo quy định của pháp luật.

Các cơ quan được cung cấp tài liệu kế toán phải có trách nhiệm giữ gìn, bảo quản tài liệu kế toán trong thời gian sử dụng và phải hoàn trả đầy đủ, đúng hạn tài liệu kế toán đã sử dụng.

Việc cung cấp thông tin, tài liệu cho các đối tượng do Thủ trưởng cơ quan Hải quan quyết định theo quy định của pháp luật.

Việc khai thác, sử dụng tài liệu kế toán phải được sự đồng ý bằng văn bản của Thủ trưởng cơ quan Hải quan hoặc người được uỷ quyền.