Theo đó, trường hợp vụ việc phức tạp, khó khăn trong việc giải quyết bồi thường cần phải thống nhất ý kiến giữa các cơ quan có liên quan, cơ quan quản lý công tác bồi thường trong hoạt động tố tụng có văn bản đề nghị các cơ quan quản lý công tác bồi thường trong hoạt động tố tụng khác và Bộ Tư pháp phối hợp, trao đổi ý kiến bằng văn bản hoặc họp liên ngành để thống nhất nội dung trước khi hướng dẫn nghiệp vụ giải quyết bồi thường và giải đáp vướng mắc về việc thực hiện pháp luật về trách nhiệm bồi thường của Nhà nước.

Văn bản hướng dẫn nghiệp vụ giải quyết bồi thường, giải đáp vướng mắc về việc thực hiện pháp luật về trách nhiệm bồi thường của Nhà nước phải được đồng thời gửi cho các cơ quan đã phối hợp.

Trường hợp cơ quan quản lý công tác bồi thường trong hoạt động tố tụng nhận được đề nghị hướng dẫn nghiệp vụ giải quyết bồi thường hoặc giải đáp vướng mắc về việc thực hiện pháp luật về trách nhiệm bồi thường của Nhà nước trong hoạt động tố tụng mà đề nghị đó không liên quan đến trách nhiệm bồi thường thuộc phạm vi ngành mình thì trong thời hạn 05 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đề nghị, cơ quan đó chuyển đề nghị đến cơ quan có thẩm quyền, đồng thời, thông báo ngay cho cơ quan, tổ chức, cá nhân đã đề nghị.

Thông tư quy định rõ cách giải quyết trong trường hợp có tranh chấp về trách nhiệm bồi thường giữa các cơ quan có thẩm quyền trong hoạt động tố tụng hình sự thuộc các ngành theo khoản 2 Điều 21 Thông tư liên tịch số 05/2012/TTLT/VKSNDTC-TANDTC-BCA-BTP-BQP-BTC-BNN&PTNT của Viện kiểm sát nhân dân tối cao, Toà án nhân dân tối cao, Bộ Công an, Bộ Tư pháp, Bộ Quốc phòng, Bộ Tài chính và Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn hướng dẫn thực hiện trách nhiệm bồi thường của Nhà nước trong hoạt động tố tụng hình sự.

Theo đó, cơ quan đề xuất việc xác định cơ quan có trách nhiệm bồi thường chủ động trao đổi với các cơ quan quản lý công tác bồi thường trong hoạt động tố tụng có liên quan để thống nhất xác định cơ quan có trách nhiệm bồi thường. Việc trao đổi có thể thực hiện thông qua hình thức tổ chức cuộc họp hoặc bằng văn bản.

Việc thống nhất xác định cơ quan có trách nhiệm bồi thường phải bằng văn bản. Văn bản phải được gửi ngay cho các cơ quan đã tham gia trao đổi, thống nhất ý kiến và cơ quan có trách nhiệm bồi thường.

Về kiểm tra liên ngành về công tác bồi thường, Thông tư nêu rõ, việc kiểm tra liên ngành về công tác bồi thường được tiến hành theo kế hoạch của các cơ quan quản lý công tác bồi thường trong hoạt động tố tụng hoặc theo yêu cầu của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

Nội dung kiểm tra liên ngành về công tác bồi thường bao gồm hoạt động giải quyết bồi thường; Việc chi trả tiền bồi thường; Việc xem xét trách nhiệm hoàn trả của người thi hành công vụ.

Thông tư liên tịch này có hiệu lực thi hành kể từ  ngày 05/01/2015.