Đại hội lần thứ ba của Đảng bộ Hương Thủy năm 1949 cử đồng chí Tôn Thất Sơn làm Bí thư Huyện ủy. Bước vào năm 1949, trong huyện, tình thế chiến tranh cầm cự diễn ra quyết liệt. Kẻ địch thường xuyên dùng vũ lực lớn tấn công lấn chiếm, càn quét phá bao vây, cố giữ vững các đồn nhỏ đang bị bao vây. Ta vẫn giữ ưu thế bao vây và tấn công địch.
Hội nghị Trung ương Đảng ngày 14 – 9 - 1949 đề ra chủ trương “Động viên mọi lực lượng tinh thần và vật chất của toàn dân vào cuộc kháng chiến – kiến quốc, giành kỳ được độc lập và dân chủ thực sự”. Ủy ban kháng chiến hành chính huyện bảo đảm đủ kết hoạch của tỉnh giao, bổ sung đủ bộ đội cho quân chủ lực, bộ đội địa phương, dân quân du kích. Hội Nông dân cứu quốc và Đoàn Thanh niên cứu quốc huyện ra sức động viên hội viên tăng gia sản xuất, đóng gạo khao quân, làm nghĩa vụ quốc phòng.
Quán triệt sự chỉ đạo của Tỉnh ủy về phát triển chiến tranh du kích ở trong vùng địch đóng đồn kiểm soát, Huyện ủy quyết định phát động một phong trào toàn dân đánh giặc. Phá hoại đường quốc lộ liên tục, một hoạt động kháng chiến mà tất cả người dân ai cũng có thể làm được, địch phải làm nhiệm vụ mở đường rất khó khăn. Nhân dân và du kích chặn tiếp tế, quấy rối và bao vây các đồn nhỏ nằm trong vùng du kích liên hoàn của ta. Có đồn bị bao vây chặt cả đêm lẩn ngày, địch phải xin phép nhân dân lẻ tẻ được ra đồn không mang vũ khí để đi lai, tiếp tế, lấy nước.
Địch thường xuyên tập trung quân cả tỉnh, mở các trận càn quét theo điểm để phá thế bị bao vây. Chúng ráo riết bắt lính để thực hiện phương châm “dùng người Việt đánh người Việt, lấy chiến tranh nuôi chiến tranh”. Ngăn chặn giữa đồng bằng và chiến khu.
Công tác địch vận trở thành một phong trào trong nhân dân. Chổ nào có đồn bốt ngụy đóng, tại đó có các bà mẹ, các chị phụ nữ đến vận động làm tan rã, bỏ đồn về với gia đình, không đi càn quét giết hại đồng bào, cướp bóc của dân, làm cho họ xao xuyến, ray rứt nghĩ đến gia đình, vợ con, làng mạc. Địch ra sức phát hiện giết một cách tàn nhẫn man rợ những người dân đến đồn vận động lính ngụy. Sự bắn giết ấy làm cho hàng ngũ chúng dao động và không ngăn ngừa được nhân dân làm công tác địch vận.
Trong mùa sản xuất, chúng bắn đạn pháo khi dân đang canh tác, hoặt hành quân không cho đồng bào sản xuất. Khi mùa gặt, chúng tổ chức hành quân cướp phá, hoặc ra tận đồng ruộng bắt dân gặt lúa mang về đồn. Vì vậy, du kích chiến tranh đã diễn ra theo mùa vụ để giữ người giữ của. Du kích huyện Hương Thủy đã tập kích tiêu diệt địch cướp lúa ở bến đò Viên Thêm (Thanh Thủy Thượng), diệt tên đồn trưởng và đánh địch ở Lang Xá Cồn. Giữ người giữ của, chống cướp bóc và chống đi lính trở thành những nhiệm vụ bức thiết của người dân.
Cùng với sự lớn lên về mọi mặt của cuộc kháng chiến, lực lượng vũ trang của huyện đã lớn mạnh. Các ban chỉ huy quân sự huyện và xã được củng cố kiện toàn vững mạnh. Công an huyện được tăng cường, một số đồn công an lưu động được xây dựng làm nhiệm vụ bảo vệ trên con đường đi đến đồn địch và vào thành phố, giữ gìn an ninh trật tự, kiểm soát hàng hóa ra vào vùng địch, ngăn chặn không cho địch cướp bóc vơ vét thóc gạo đưa vào thành phố. Lực lượng vũ trang được bổ sung số lượng và được tập huấn, không ngừng nâng cao chất lượng, làm chỗ dựa vững chắc cho phong trào kháng chiến ở địa phương.
Về kinh tế, huyện thực hiện chủ trương cung cấp lại ruộng đất, chia ruộng đất vắng chủ, tiến hành bao vây kinh tế địch, kiểm soát việc giao lưu hàng hóa giữa nông thôn và thành thị. Từ khi cấp ruộng đất công bằng và hợp lý theo chương trình 10 điểm của Mặt trận Việt Minh, phân hóa giai cấp ở nông thôn vẫn tiếp tục. Một số địa chủ nhỏ không có điều kiện bỏ nông thôn phải dựa vào ruộng đất để sống, cùng với nhân dân kháng chiến chống Pháp. Địa chủ có nhiều ruộng đất, một số chủ ruộng tuy ruộng đất có ít, không tự sản xuất được cho nông dân sản xuất thu tô. Họ bỏ ruộng đất và nông thôn chạy lên thành phố. Chính quyền cách mạng vẫn giữ sở hữu ruộng đất như cũ, nhưng giao cho nông dân sử dụng ruộng đất canh tác.
Giai cấp địa chủ và những người thu tô thu hẹp và các tầng lớp nông dân với sức lao động của mình, với sức chiến đấu chống địch bảo vệ sản xuất, tuy trong chiến tranh, nhưng cuộc sống của họ khá giả hơn trước, thành phần nông dân được ổn định. Địa chủ thu hẹp, bần cố nông trở thành trung nông, họ không có sử hữu ruộng đất nhưng nắm quyền sử dụng ruộng đất, họ là những chủ ở nông thôn trong huyện sản xuất và đánh địch, họ là động lực đẩy xã hội trong huyện tiến lên.
Cuối tháng 11 - 1949, địch tăng cường đồn Nam Giao, càn quét liên tục, hành quân bảo vệ lập các đồn bốt, phòng thủ. Chúng dựng lên ở ngoại ô thuộc địa phận huyện Hương Thủy một hàng rào lô cốt dày đặt để phá vành đai bao vây của ta. Tháng 12 - 1949, địch mở rộng trận tiến công lớn với 3 cánh quân đánh chiến khu Dương Hòa. Cánh quân thứ 3 từ Phú Bài lên Dã Lê Thượng rồi tiến lên sông Tả Trạch và dừng lại vùng Vỹ Dạ Thượng đánh hủy diệt vùng này, sau 20 ngày mới rút về Huế. Khi tiến công và rút về Huế, địch tàn phá một vùng tam giác từ Dã Lê Thượng đến Vỹ Dạ và rút về Huế theo lộ trình Tuần – Nam Giao và sông Hương. Chúng xây dựng thêm công sự phòng ngự ở Long Thọ uy hiếp Nguyệt Biều – Lương Quán và chặn con đường Huyền Trân Công Chúa (Ruedes Arènes). Nhưng phong trào quần chúng của ta ở các cơ sở này vẫn vững vàng, tuy đã xây dựng được lô cốt nhưng địch còn bị động phòng thủ chưa lấn chiếm ra được.
Cuối năm 1949, Thường vụ Tỉnh ủy bổ sung 4 đồng chí, đưa vào Thường vụ Huyện ủy: đồng chí Lê Cương, đồng chí Trần Sử, đồng chí Trương Đồng, đồng chí Hoàng Tuấn Khanh. Đại hội đại biểu đảng bộ huyện lần thứ 4 năm 1950, huyện cử đồng chí Lê Cương phụ trách Ban bí thư Huyện ủy.
Địch ráo riết thực hiện chính sách “vết dầu loang” bằng mở rộng lấn chiếm, càn quét phục vụ cho việc xây dựng lô cốt nống ra, chiếm đóng. Ngày 3 – 1 - 1950, Thường vụ Tỉnh ủy hợp phiên bất thường chống chính sách “ vết dầu loang” của địch bằng bao vây và đánh mạnh vào thị xã Thuận Hóa. Tỉnh ra chỉ thị số 14-CT/TV “ địch cố tâm thi hành vết dầu loang để mở rộng phạm vi kiểm soát của chúng. muốn chống lại kế hoạch của chúng, phương pháp rào làng là kế hoạch chính chống vết dầu loang”. Trong điều kiện huyện chỉ tập trung rào làng một phần của các xã từ quốc lộ trở lên, dồn sức vào việc rào làng ở xã Mỹ Thủy trở vào núi, địch không vào được làng. Còn các xã của huyện ở đồng bằng không đủ khả năng rào làng, Huyện ủy quyết định “Tăng cường xây dựng các cơ sở quần chúng kết hợp chặt chẽ với hoạt động du kích và bao vây kinh tế địch”.